Η Μαρία Σαπουνάκη είναι απόφοιτη του τμήματος πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική του Πανεπιστήμιου Θεσσαλίας. Έχει λάβει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα από το Διατμηματικό Πρόγραμματος Σπουδών στην Πληροφορική και Υπολογιστική Βιοϊατρική με Ειδίκευση στην Υπολογιστική Βιοϊατρική και Βιολογία των τμημάτων Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική και Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Από το Μάρτιο του 2021 είναι υποψήφια διδάκτορας στο τμήμα Πληροφορική με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική εκπονώντας τη διατριβή της με τίτλο «Low power and area efficient neuromorphic system». του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας έχοντας εκπονήσει διδακτορική διατριβή με τίτλο “Αλγόριθμοι και Προηγμένες Τεχνικές Συμπίεσης Βίντεο σε Συστήματα Ευρείας Κλίμακας”. Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα εστιάζουν κυρίως σε νευρομορφικά συστήματα χαμηλής ενέργειας και επιφάνειας καθώς και σε Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα Αιχμής. Είναι ερευνήτρια στο εργαστήριο Ευφυών Συστημάτων του Τμήματος και μέλος του IEEE. Έχει γράψει άρθρα σε πρακτικά συνεδρίων με σύστημα κριτών